Huyện Như Thanh được thành lập vào này 1 tháng 1 năm 1996[1] trên cơ sở tách 16 xã: Thanh Kỳ, Thành Tân, Xuân Thái, Yên Lạc, Yên Thọ, Xuân Phúc, Phúc Đường, Xuân Thọ, Xuân Khang, Hải Long, Phú Nhuận, Mậu Lâm, Phượng Nghi, Xuân Du, Cán Khê, Hải Vân thuộc huyện Như Xuân. Khi thành lập, huyện Như Thanh có 587,3 km2 diện tích tự nhiên và 76.045 người[1]. Tên gọi Như Thanh là tên ghép từ hai địa danh Như Xuân và Thanh Hóa.

Ngày 11 tháng 4 năm 2002, thành lập thị trấn Bến Sung, thị trấn huyện lỵ huyện Như Thanh trên cơ sở 244,15 ha diện tích tự nhiên và 2.302 nhân khẩu của xã Hải Vân, 340 ha diện tích tự nhiên và 1.653 nhân khẩu của xã Hải Long.

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội thông qua Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa. Theo đó, sáp nhập xã Hải Vân vào thị trấn Bến Sung, sáp nhập xã Phúc Đường vào xã Xuân Phúc và sáp nhập xã Xuân Thọ vào xã Cán Khê.[2]